Σε καταστροφές προϊόντων έχει επιδοθεί το Τμήμα Τελωνείων. Οτιδήποτε κρίνεται λαθραίο ή είναι απομίμηση πρέπει να καταστρέφεται. Καθημερινά, τα τελωνεία βρίσκονται ενώπιον τέτοιων περιπτώσεων και προβαίνουν σε καταστροφές δεκάδων προϊόντων. Αυτά αφορούν αρώματα, είδη ένδυσης και υπόδησης, οργανικές ουσίες, οχήματα, τρόφιμα, γαλακτοκομικά προϊόντα, καπνικά είδη κ.ά.
 
Σύμφωνα με τις διατάξεις του τελωνειακού Κώδικα αλλά και άλλες σχετικές νομοθεσίες, το Τμήμα Τελωνείων επιβλέπει μεγάλο αριθμό καταστροφών ετησίως που αφορούν μία ευρεία γκάμα εμπορευμάτων τα οποία είτε βρίσκονται υπό καθεστώς αναστολής καταβολής δασμών και φόρων, είτε έχουν ολοκληρώσει των κύκλο ζωής τους και δεν μπορούν να διατεθούν στην αγορά και τέλος παραβιάζουν νομοθεσίες όπως π.χ. προστασίας του περιβάλλοντος, προστασίας δικαιωμάτων διανοητικής ιδιοκτησίας κ.λπ.
 
Τα εμπορεύματα που προορίζονται για καταστροφή υπό τελωνειακή επίβλεψη χωρίζονται σε δύο βασικές κατηγορίες: εμπορεύματα τα οποία βρίσκονται στην κυριότητα του Δημοσίου και εμπορεύματα τα οποία βρίσκονται στην κατοχή των ιδιοκτητών τους και μετά από σχετική αίτηση προς το Τμήμα Τελωνείων εγκαταλείπονται με σκοπό την καταστροφή. Τέτοια εμπορεύματα είναι συμπληρώματα διατροφής, ηλεκτρικές συσκευές, αλκοολούχα ποτά, διάφορα είδη που παραβιάζουν δικαιώματα διανοητικής ιδιοκτησίας όπως αρώματα, είδη ένδυσης και υπόδησης, οργανικές ουσίες, οχήματα, τρόφιμα, γαλακτοκομικά προϊόντα, καπνικά είδη κ.ά. 
 
Αναφορικά με τα κατασχεθέντα εμπορεύματα τα οποία παραβιάζουν δικαιώματα διανοητικής ιδιοκτησίας, τα έξοδα καταστροφής εισπράττονται από τους παρανομούντες ή τον κάτοχο του δικαιώματος, ανάλογα, και έχουν καθοριστεί στα €275 ανά τόνο και €25 ελάχιστο ποσό εξόδων καταστροφής σε περίπτωση εμπορευμάτων με συνολικό βάρος μέχρι 100 κιλά. 
 
Ο κύριος όγκος των εμπορευμάτων αφορά κυρίως είδη ένδυσης και υπόδησης, αξεσουάρ (τσάντες, πορτοφόλια, καπέλα, γυαλιά ηλίου κ.λπ.), παιγνίδια, φάρμακα και αρώματα, αλλά και καπνικά προϊόντα. Κατασχέσεις τέτοιων εμπορευμάτων πραγματοποιούνται:
● μετά από επιχειρήσεις αγοράς, 
● στα σημεία διέλευσης με τα κατεχόμενα, 
● στα ταχυδρομεία δεμάτων και στην αποθήκη αεροδρομίου Λάρνακας κατά τον τελωνισμό των δεμάτων των ταχυμεταφορέων, 
● κατά τον τελωνισμό εμπορευμάτων από αποθήκες προσωρινής εναπόθεσης ή στα υποστατικά των εισαγωγέων,
● στις εξαγωγές.
 
Αναφορικά με την καταστροφή καπνικών προϊόντων που βρίσκονται σε φορολογική αποθήκη αλλά και για εμπορεύματα τα οποία έχουν τεθεί σε καθεστώς αναστολής (δεν έχουν καταβληθεί προσωρινά οι αναλογούντες για αυτά δασμοί και φόροι) και είναι αποθηκευμένα είτε σε φορολογικές αποθήκες είτε σε αποθήκες τελωνειακής αποταμίευσης, οι λειτουργοί του Τμήματος θα πρέπει με φυσική εξέταση να βεβαιωθούν ότι πληρούνται οι απαραίτητες προϋποθέσεις, κι αυτά καταστρέφονται υπό τελωνειακή επίβλεψη. 
 
Σε έναν μεγάλο αριθμό εισαγωγών απαιτείται υποβολή διαφόρων πιστοποιητικών και άλλων εγκρίσεων από άλλες κρατικές υπηρεσίες όπως είναι η Υπηρεσία Περιβάλλοντος, το υπουργείο Εμπορίου, κ.ά. Σε ορισμένες περιπτώσεις εντοπίζονται διάφορες παραβιάσεις των κανονισμών και των οδηγιών (όπως π.χ. μη ύπαρξη της ένδειξης CE στα εμπορεύματα) με αποτέλεσμα να μην είναι δυνατή η αποδέσμευσή τους. Τα εμπορεύματα σε τέτοιες περιπτώσεις δεσμεύονται από το Τμήμα Τελωνείων και ο ενδιαφερόμενος ενημερώνεται σχετικά δίνοντάς του την ευχέρεια, εάν το επιθυμεί, να τα επανεξαγάγει, να τα καταστρέψει ή να τα εγκαταλείψει στην κυριότητα του Τμήματος.