Σοβαρά προβλήματα περιβαλλοντικής ρύπανσης παρουσιάζει ο ταμιευτήρας νερού (υδατοφράκτης) των Πολεμιδιών, γεγονός που προβληματίζει έντονα τους αρμοδίους οι οποίοι παρακολουθούν στενά την κατάσταση και προβαίνουν σε εκείνες τις ενέργειες που στόχο έχουν την ποιοτική αποκατάσταση του νερού.
Η χαμηλή βροχόπτωση και η μέχρι πρότινος εκροή μη επεξεργασμένων αστικών και βιομηχανικών λυμάτων από τον σκυβαλότοπο του Βατί έχουν σημαντικά συνεισφέρει στον συστηματικό χαρακτηρισμό της ποιότητας του νερού του ταμιευτήρα ως «κακή» με βάση την Οδηγία Πλαίσιο για τα Ύδατα (ΟΠΥ) και το φράγμα να παρουσιάζει φαινόμενα υπερευτροφισμού.
Τα τελευταία χρόνια το Τμήμα Αναπτύξεως Υδάτων (ΤΑΥ) έχει συνάψει συνεργασία με την ερευνητική ομάδα του ΤΕΠΑΚ «Water Treatment Laboratory-AQUA» με επιστημονική υπεύθυνη την δρα Μαρία Γ. Αντωνίου, για την παρακολούθηση τοξικών ουσιών που πιθανό να παράγονται από μια ομάδα του φυτοπλαγκτού (κυανοβακτήρια) αλλά και την εξεύρεση τρόπων αντιμετώπισης και αποκατάστασης της ποιότητας του νερού.

Λόγω της χαμηλής βροχόπτωσης, και ως εκ τούτου της χαμηλής εισροής καθαρού νερού από τον ποταμό, ο ταμιευτήρας εμπλουτίζεται με ανακυκλωμένο νερό από την μονάδα επεξεργασίας του Συμβουλίου Αποχετεύσεων Λεμεσού – Αμαθούντας, της Μονής. Σε κοντινή απόσταση βρίσκεται και ο σκυβαλότοπος του Βατί, στον οποίο μέχρι πρότινος αστικά και βιομηχανικά υγρά απόβλητα τοποθετούνταν σε χωμάτινες σηπτικές δεξαμενές, χωρίς να τύχουν καμίας επεξεργασίας. Το γεγονός ότι το Βατί βρίσκεται πολύ κοντά στον ποταμό Γαρύλλη και στον ταμιευτήρα των Πολεμιδιών, σε συνδυασμό με τη γεωλογία της περιοχής, έχει ως αποτέλεσμα την επιμόλυνση των δύο αυτών επιφανειακών υδάτινων πόρων από τα στραγγίσματα και τις εκροές του Βατί.
Η ρύπανση του ταμιευτήρα έχει ως αποτέλεσμα τη συχνή εμφάνιση φαινόμενων ευτροφισμού (που πιθανό να φτάνουν τον υπερευτροφισμό). Συγκεκριμένα, τα φυσικά αυτά φαινόμενα «άνθισης» φυτοπλαγκτού είναι συχνά έντονα και εμφανή με τη συσσώρευση πυκνής επιφανειακής κυανοπράσινης κρούστας και προσδίδουν στο νερό του ταμιευτήρα κυανοπράσινο χρώμα.

Το χρώμα του νερού
Το κυανοπράσινο χρώμα του νερού στον ταμιευτήρα οφείλεται στην παρουσία των κυανοβακτηρίων (ή αλλιώς κυανοφυκών) τα οποία είναι αρχέγονοι μικροοργανισμοί και η παρουσία τους στη Γη υπολογίζεται στα 3,3 – 3,5 δισεκατομμύρια χρόνια. Αποτελούν σημαντική ομάδα του φυτοπλαγκτού και λαμβάνουν μέρος σε σημαντικές βιολογικές και χημικές διεργασίες του υδάτινου οικοσυστήματος του ταμιευτήρα. Μπορούν εύκολα να αναπτυχθούν σε ακραίες περιβαλλοντικές συνθήκες και προσαρμόζονται εύκολα σε νέα περιβάλλοντα (π.χ. από γλυκά σε αλμυρά νερά).
Συνήθως διασκορπίζονται σε όλο το υδάτινο σύστημα και μπορεί να προκαλέσουν σημαντική θολερότητα στο νερό όταν επιτύχουν υψηλές πυκνότητες (“άνθιση νερού”/”blooming”). Ανθρώπινες δραστηριότητες (γεωργικές απορροές, απορροές από μη ή ανεπαρκώς επεξεργασμένα αστικά και βιομηχανικά λύματα) προκαλούν την συσσώρευση θρεπτικών συστατικών στο νερό (κυρίως φωσφόρου και αζώτου), με αποτέλεσμα την πληθυσμιακή αύξηση του φυτοπλαγκτού και πιθανόν των κυανοβακτηρίων. Η άνθιση των κυανοβακτηρίων, εκτός από την αλλοίωση των ποιοτικών χαρακτηριστικών του νερού (ανεπιθύμητο χρώμα και οσμή και συσσώρευση κυανοβακτηριακής κρούστας) προκαλεί σημαντική μείωση του οξυγόνου στο νερό, επηρεάζοντας αρνητικά τους υπόλοιπους υδάτινους οργανισμούς (π.χ. τα ψάρια).
Επιπρόσθετα, κάποια από τα γένη των κυανοβακτηρίων έχουν την ικανότητα να παράγουν τοξικές ουσίες (κυανοτοξίνες), οι οποίες στις περιπτώσεις που παράγονται είτε απεκκρίνονται απευθείας από τα κυανοβακτήρια είτε απελευθερώνονται στο νερό μετά το θάνατό τους. Οι κυανοτοξίνες μπορούν να διαχωριστούν σε διάφορες κατηγορίες ανάλογα με τη χημική τους δομή αλλά και τη βιολογική τους δράση (δερματοτοξίνες, ηπατοτοξίνες και νευροτοξίνες, αντίστοιχα).