Για τους μουσουλμάνους, Ιερουσαλήμ σημαίνει Χαράμ αλ Σαρίφ, εκεί όπου ευρίσκεται το τέμενος Αλ Άκσα, ένα από τα ιερότερα μνημεία του Ισλάμ. Σύμφωνα με την Κορανική παράδοση, απ’ εκεί ο προφήτης Μωάμεθ ανελήφθη στους ουρανούς.
Από το 637, όπου η Ιερουσαλήμ θα καταληφθεί από τον 2ο Χαλίφη του Ισλάμ, Ομάρ Ιμπν αλ Χαττάμπ, μέχρι και το τέλος του Α’ Παγκοσμίου Πολέμου, η Ιερή Πόλη θα ευρίσκεται ουσιαστικά υπό τον έλεγχο των μεγάλων μουσουλμανικών χαλιφάτων (αραβικών και Οθωμανικής αυτοκρατορίας) με κάποιες εναλλαγές στον 11ο και στον 12ο αιώνα όπου οι σταυροφόροι θα καταφέρουν να εξασφαλίσουν τον έλεγχο της Ιερουσαλήμ για κάποιο χρονικό διάστημα. Η κατάληψη των Αγίων Τόπων από τους δυτικούς σταυροφόρους σηματοδότησε την έναρξη ενός νέου κεφαλαίου στην ιστορία της εκκλησίας των Ιεροσολύμων. Πρόκειται για την εγκατάσταση Ρωμαιοκαθολικών Πατριαρχών και την υπαγωγή των Ορθοδόξων σε αυτούς. Η φύλαξη των ιερών προσκυνημάτων θα αφαιρεθεί από τους Έλληνες και οι Ορθόδοξοι Πατριάρχες εκδιώκονται και αναγκάζονται να φύγουν με αποτέλεσμα οι διάδοχοί τους οι οποίοι χειροτονούντο να παραμένουν στην Κωνσταντινούπολη χωρίς ουσιαστικά καθήκοντα. Η κατάσταση αυτή θα συνεχιστεί μέχρι το 1517 όταν ο Οθωμανός Σουλτάνος Σελίμ Α’ με φιρμάνι ανεγνώρισε στους Ορθοδόξους μοναχούς την κυριότητα των αγίων προσκυνημάτων.
Τα πράγματα πάλι θα αλλάξουν προς όφελος των Ρωμαιοκαθολικών, όταν με τέσσερα σουλτανικά φιρμάνια στις αρχές του 17ου αιώνος θα γίνουν εκ νέου παραχωρήσεις κυριαρχίας στους Λατίνους σε βάρος των Ορθοδόξων, ο οποίοι ουσιαστικά μετά την πτώση της Βυζαντινής αυτοκρατορίας θα παραμείνουν απροστάτευτοι.
Μετά από έντονη παρέμβαση του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου Λουκάρεως και με τη συνεπικουρία υψηλών χρηματικών ποσών τα οποία εξησφαλίσθησαν από πλουσίους Έλληνες των παραδουνάβιων περιοχών, ο σουλτάνος Μουράτ εξέδωσε φιρμάνι το 1634 αποδίδοντας πίσω την κυριαρχία των αγίων προσκυνημάτων στους Έλληνες Ορθοδόξους.
Το σημερινό καθεστώς κατοχής των ιερών προσκυνημάτων, αποκρυσταλλώθηκε με το συνέδριο των Παρισίων το 1856. Σύμφωνα με τις αποφάσεις του Συνεδρίου, ο μεγάλος θόλος του Παναγίου Τάφου καθώς επίσης και το σπήλαιον της Γεννήσεως στη Βηθλεέμ ανήκουν στους Έλληνες ενώ οι Καθολικοί έχουν υπό την κατοχή τους το θυσιαστήριο στον Ναό της Βηθλεέμ. Και το δικαίωμα χρήσης του Τάφου της Θεοτόκου για λειτουργίες. Από την άλλη, οι Ορθόδοξοι έχουν το δικαίωμα να τελούν λειτουργίες στον ρωμαιοκαθολικό Ναό της Αναλήψεως στο Όρος των Ελαιών.
Έκτοτε, η πλέον σημαντική αμφισβήτηση της ελληνικής κυριαρχίας στους Αγίους Τόπους της Ιερουσαλήμ προέρχεται από τη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία, η οποία από τα τέλη του 19ου αιώνος κατάφερε να υποκινήσει το τοπικό αραβικό ορθόδοξο ποίμνιο εναντίον της ελληνικής αγιοταφικής αδελφότητας που διαχειρίζεται τους Αγίους Τόπους.
Η τελευταία όμως αντιπαράθεση αποτελεί ένα μικρόκοσμο μέσα στον μεγάκοσμο της σημερινής Ιερουσαλήμ. Μετά τον αραβοϊσραηλινό πόλεμο του 1967, η πόλις περιήλθε υπό τον πλήρη έλεγχο των Ισραηλινών. Οποιαδήποτε πιθανότητα για την απόκτηση διαρκούς ειρήνης μεταξύ Ισραηλινών και Παλαιστινίων θα εξαρτηθεί κατά το μέγιστο από την ικανότητα και των δύο πλευρών να δρομολογήσουν συνθήκες που θα οδηγούν σε συμφωνία που θα περιλαμβάνει το τελικό καθεστώς της Ιερουσαλήμ. Το ακανθώδες θέμα αναφορικά με το ποιος θα πρέπει να έχει την εθνική κυριαρχία στην Ιερουσαλήμ αποτελεί σήμερα το πιο σύνθετο πρόβλημα στην ειρηνική επίλυση του Παλαιστινιακού ζητήματος που μπήκε ήδη σε μία απρόβλεπτη τροχιά.
ΕΘΝΙΚΗ ΠΟΛΗ ΓΙΑ ΙΣΡΑΗΛΙΝΟΥΣ ΚΑΙ ΠΑΛΑΙΣΤΙΝΙΟΥΣ
Τόσο οι Ισραηλινοί όσο και οι Παλαιστίνιοι έχουν ανακηρύξει την Ιερουσαλήμ την εθνική τους πόλη και την πρωτεύουσα των κρατών τους. Το Ισραήλ ανακήρυξε την Ιερή Πόλη αιώνια πρωτεύουσά του με το νόμο της Ιερουσαλήμ στις 30 Ιουνίου 1978. Το ίδιο έπραξαν και οι Παλαιστίνιοι με την ανακήρυξη της Ανεξαρτησίας στο Αλγέρι στις 15 Νοεμβρίου 1988.
Η ιερότητα που αποδίδεται στην πόλη από τις τρεις μεγάλες θρησκείες υπήρξε ο γνώμονας σύμφωνα με τον οποίο ο ΟΗΕ εξέδωσε το ψήφισμα 194 του 1948. Το ψήφισμα προέβλεπε τη δημιουργία ειδικού διεθνούς και αποστρατικοποιημένου καθεστώτος για την πόλη, υπό τον έλεγχο του ΟΗΕ, με ελεύθερη πρόσβαση για όλους τους πιστούς. Το ψήφισμα ουδέποτε εφηρμόσθη διότι, ο Πόλεμος του 1948 δημιούργησε δεδομένα που δεν επέτρεπαν την εφαρμογή του.
Σήμερα, έξι δεκαετίες μετά το ψήφισμα του ΟΗΕ, η πρόταση αυτή παραμένει η μοναδική ελκυστική η οποία όταν καταλαγιάσει ο κουρνιαχτός της βίας θα μπορεί να αποτελέσει μία πυξίδα για τις επόμενες διαπραγματεύσεις.